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BBC Afrique of Friday, 23 July 2021

Source: www.bbc.com

Covid: voici comment le coronavirus combat les vaccins

Les virus de la grippe  sont l'un des virus les plus étudiés Les virus de la grippe sont l'un des virus les plus étudiés

Au fil du temps, le virus a changé. Il a introduit des mutations ponctuelles dans sa séquence génétique, dont beaucoup entraînent des changements d'acides aminés dans ses protéines.

Grâce à ces changements, le virus acquiert des avantages évolutifs dans le processus d'adaptation à nos cellules et organismes, qui constituent l'environnement dans lequel il se réplique.

Ce processus d'adaptation n'implique pas nécessairement une plus grande virulence, mais des progrès dans l'amélioration de la liaison aux récepteurs, l'optimisation de la réplication, une production plus efficace des particules virales et leur transmission, la modulation de la pathologie ou, finalement, l'échappement partiel à certains mécanismes immunitaires.

Quand nous n'avions pas de vaccins, le virus circulait librement

L'un des mécanismes immunitaires les plus importants contre l'infection est la production d'anticorps par les lymphocytes B et leur capacité à reconnaître et à neutraliser le virus.

Jusqu'au début de la campagne de vaccination, chaque fois que le SRAS-CoV-2 infectait quelqu'un, il devait relever le défi de surmonter les différentes barrières de l'hôte infecté.

Mais si l'individu n'avait pas été infecté auparavant, il y avait peu de chances que le virus rencontre des anticorps qui le reconnaissent.

Ainsi, à chaque infection, les mutations que le virus peut générer sont sélectionnées et incorporées dans les nouvelles particules virales dans la mesure où elles apportent des avantages évolutifs indépendants de l'échappement aux anticorps.

Mais lorsque vous rencontrez des personnes vaccinées, le scénario change.

Un obstacle sur le chemin : les vaccins

L'évolution en général, et celle des virus en particulier, est déterminée par les conditions de reproduction dans un environnement donné.

En virologie, il existe un concept appelé "fitness viral", qui détermine la sélection des particules virales qui introduisent des modifications pour se répliquer et se transmettre plus efficacement.

En d'autres termes, on sélectionne les virus qui sont les mieux adaptés au contexte d'infection qu'ils rencontrent.

Lorsque le virus rencontre un plus grand nombre de personnes immunisées, il est contraint d'affronter des défenses qu'il n'avait pas rencontrées auparavant et de rivaliser avec d'autres variantes.

De cette façon, les variantes qui "gagneront" seront celles qui auront un avantage sur les variantes précédentes, non préparées à ce nouveau scénario immunitaire.

Par conséquent, les variantes qui échappent à l'effet des vaccins seraient, en théorie, celles qui l'emporteraient sur les autres. Dans ce scénario, les vaccins cesseraient de fonctionner à moyen ou long terme.

Force des vaccins

Cette situation, qui peut sembler décourageante quant au rôle des vaccins dans la pandémie, cache un paradigme qui joue contre le virus.

Nous connaissons déjà la capacité des anticorps neutralisants à bloquer la liaison de la protéine S du virus à la cellule hôte. En empêchant cette liaison, le virus ne nous infecte pas.

Pour y échapper, une stratégie qu'une nouvelle variante du virus pourrait utiliser consisterait à modifier la région de cette protéine S où se fixent ces anticorps afin qu'elle ne soit pas neutralisée.

Cependant, ces changements, qui semblent être un avantage pour le virus, ont également un coût.

En plaçant les modifications dans la même région que celle utilisée par la protéine S pour se lier au récepteur cellulaire, on pourrait aggraver sa liaison au récepteur et, par conséquent, réduire sa capacité infectieuse.

Les virus tentent de surmonter ce paradigme "gagnant-perdant" par des mutations qui n'affectent que très peu leur capacité infectieuse et réplicative tout en étant capables d'échapper partiellement aux défenses de l'organisme.

En raison de cette adaptation permanente, le virus modifie partiellement certaines de ses protéines les plus immunogènes, comme la protéine S, dans un processus appelé dérive antigénique.

Les virus de la grippe sont l'un des virus les plus étudiés en ce qui concerne le processus de dérive antigénique.

C'est la force responsable de l'émergence de nouvelles souches qui circulent chaque année, obligeant à reformuler la stratégie de vaccination contre la grippe.

Mais malgré ces changements, les nouvelles souches de grippe n'échappent pas complètement à la capacité d'une personne précédemment immunisée à combattre l'infection.

Et si nos anticorps s'adaptaient aux nouvelles mutations ?

L'adaptation aux conditions changeantes ne se fait pas seulement du côté des virus.

Nos lymphocytes B producteurs d'anticorps peuvent également subir un processus d'adaptation appelé hypermutation somatique, qui se détériore avec l'âge.

Ainsi, les lymphocytes B qui produisent des anticorps contre le virus peuvent également "muter" pour améliorer leur capacité à se lier aux protéines du virus et à les neutraliser.

Cette amélioration des anti-corps leur permet de s'adapter aux changements de variantes.

L'évolution du scénario de la bataille virus-hôte est un jeu à double sens. Le virus doit continuellement évoluer et s'adapter à l'évolution de la situation immunitaire, au risque de s'éteindre.

C'est précisément pour cette raison que l'évolution continue des virus dans des conditions changeantes est appelée (en raison de sa similitude), "l'effet Reine Rouge". C'est-à-dire changer pour essayer de rester à la même place.

*Estanislao Nistal Villán est virologue et professeur de microbiologie à la faculté de pharmacie de l'université CEU San Pablo.

Cet article a été initialement publié dans The Conversation.